Хидроложките условия на територията на община Струмяни се  дават от характеристиката на  р. Струма  и нейните притоци. Десните притоци на Струма водят началото си от източните склонове на Малешевска планина. Те са:р.Каменишка, Микревска /образува от сливането на  Хановска и Цапаревска река /, р.Драковска и р.Лебница. Водосборните на тези реки са значителни, а хидрографската мрежа има голяма гъстота. Те и техните притоци текат в дълбоко врязани легла, много често между скалисти брегове. Горните части на водосборните басейни са заети изцяло от пасища и ливади. Тук са възникнали многобройни и опасни порои с надлъжно дълбаене и странично подриване на бреговете  и големи свлачища. Особено много са свличанията по  р.Драковска. Навлизайки в равнинната  част на терена, преди да се влеят  в  Струма, поройните реки и долове  се  разливат и образуват  големи нестабилни наносни конуси. Всички  реки от Малешевска планина  са с непостоянен дебит  и пороен характер. От Пиринската част в р.Струма се влива само р.Злинска, която е силно  повлияна от сезоните и дъждовните периоди. Подпочвени води могат да се търсят само в  алувиалните наслагвания край р.Струма. Втората река е Шашка, характеризираща се  с изключително стихиен и пороен характер, причина за чести наводнения.

Река Струма изобилства с различни  видове риба. На територията  на общината  са изградени 10 изкуствени водоеми с различен обем, от които 7 са зарибени. Водоемите и част от реките се използват за напояване.